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synced 2025-04-05 10:40:42 +00:00
Use new annotations in EVE and CSL loaders
This commit is contained in:
Phil Olynyk
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b8b4acb804
commit
e5d1723c27
@ -2147,135 +2147,54 @@ bool ResmedLoader::LoadCSL(Session *sess, const QString & path)
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||||
QString t;
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||||
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||||
// long recs;
|
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double duration;
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char *data;
|
||||
// double duration;
|
||||
// char *data;
|
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// char c;
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long pos;
|
||||
bool sign, ok;
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double d;
|
||||
// long pos;
|
||||
// bool sign, ok;
|
||||
// double d;
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double tt;
|
||||
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||||
// Notes: Event headers have useless duration value.
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||||
// sess->updateFirst(edf.startdate);
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||||
EventList *CSR = nullptr;
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||||
// Allow for empty sessions..
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||||
qint64 csr_starts = 0;
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||||
// Process event annotation records
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||||
for (int s = 0; s < edf.GetNumSignals(); s++) {
|
||||
int recs = edf.edfsignals[s].sampleCnt * edf.GetNumDataRecords() * 2;
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||||
qDebug() << "File has " << edf.annotations.size() << "annotation vectors";
|
||||
int vec = 1;
|
||||
for (auto annoVec = edf.annotations.begin(); annoVec != edf.annotations.end(); annoVec++ ) {
|
||||
qDebug() << "Vector " << vec++ << " has " << annoVec->size() << " annotations";
|
||||
for (auto anno = annoVec->begin(); anno != annoVec->end(); anno++ ) {
|
||||
qDebug() << "Offset: " << anno->offset << " Duration: " << anno->duration << " Text: " << anno->text;
|
||||
tt = edf.startdate + qint64(anno->offset*1000.0);
|
||||
|
||||
data = (char *)edf.edfsignals[s].dataArray;
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||||
pos = 0;
|
||||
tt = edf.startdate;
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||||
// sess->updateFirst(tt);
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||||
duration = 0;
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||||
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||||
while (pos < recs) {
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||||
char c = data[pos];
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||||
if ((c != '+') && (c != '-')) {
|
||||
break;
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||||
}
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||||
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||||
if (data[pos++] == '+') { sign = true; }
|
||||
else { sign = false; }
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||||
t = "";
|
||||
c = data[pos];
|
||||
|
||||
do {
|
||||
t += c;
|
||||
pos++;
|
||||
c = data[pos];
|
||||
} while ((c != 20) && (c != 21)); // start code
|
||||
|
||||
d = t.toDouble(&ok);
|
||||
if (!ok) {
|
||||
qDebug() << "Faulty EDF CSL file " << edf.filename;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (!sign) { d = -d; }
|
||||
|
||||
tt = edf.startdate + qint64(d * 1000.0);
|
||||
duration = 0;
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||||
// First entry
|
||||
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||||
if (data[pos] == 21) {
|
||||
pos++;
|
||||
// get duration.
|
||||
t = "";
|
||||
|
||||
do {
|
||||
t += data[pos];
|
||||
pos++;
|
||||
} while ((data[pos] != 20) && (pos < recs)); // start code
|
||||
|
||||
duration = t.toDouble(&ok);
|
||||
if (!ok) {
|
||||
qDebug() << "Faulty EDF CSL file (at %" << pos << ") " << edf.filename;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
while ((data[pos] == 20) && (pos < recs)) {
|
||||
t = "";
|
||||
pos++;
|
||||
|
||||
if (data[pos] == 0) {
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (data[pos] == 20) {
|
||||
pos++;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
do {
|
||||
t += tolower(data[pos++]);
|
||||
} while ((data[pos] != 20) && (pos < recs)); // start code
|
||||
|
||||
if (!t.isEmpty()) {
|
||||
if (t == "csr start") {
|
||||
csr_starts = tt;
|
||||
} else if (t == "csr end") {
|
||||
if (!CSR) {
|
||||
CSR = sess->AddEventList(CPAP_CSR, EVL_Event);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (csr_starts > 0) {
|
||||
if (sess->checkInside(csr_starts)) {
|
||||
CSR->AddEvent(tt, double(tt - csr_starts) / 1000.0);
|
||||
}
|
||||
csr_starts = 0;
|
||||
} else {
|
||||
qDebug() << "If you can read this, ResMed sucks and split CSR flagging!";
|
||||
}
|
||||
} else if (t != "recording starts") {
|
||||
qDebug() << "Unobserved ResMed CSL annotation field: " << t;
|
||||
if ( ! anno->text.isEmpty()) {
|
||||
if (anno->text == "csr start") {
|
||||
csr_starts = tt;
|
||||
} else if (anno->text == "csr end") {
|
||||
if ( ! CSR) {
|
||||
CSR = sess->AddEventList(CPAP_CSR, EVL_Event);
|
||||
}
|
||||
if (csr_starts > 0) {
|
||||
if (sess->checkInside(csr_starts)) {
|
||||
CSR->AddEvent(tt, double(tt - csr_starts) / 1000.0);
|
||||
}
|
||||
csr_starts = 0;
|
||||
} else {
|
||||
qDebug() << "Split csr event flag in " << edf.filename;
|
||||
}
|
||||
} else if (t != "recording starts") {
|
||||
qDebug() << "Unobserved ResMed CSL annotation field: " << t;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (pos >= recs) {
|
||||
qDebug() << "Short EDF CSL file" << edf.filename;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// pos++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
while ((pos < recs) && (data[pos] == 0)) { pos++; }
|
||||
|
||||
if (pos >= recs) { break; }
|
||||
}
|
||||
|
||||
// sess->updateLast(tt);
|
||||
}
|
||||
|
||||
Q_UNUSED(duration)
|
||||
if (csr_starts > 0) {
|
||||
qDebug() << "Unfinished csr event in " << edf.filename;
|
||||
}
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||||
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||||
#ifdef DEBUG_EFFICIENCY
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||||
timeMutex.lock();
|
||||
timeInLoadCSL += time.elapsed();
|
||||
@ -2306,15 +2225,15 @@ bool ResmedLoader::LoadEVE(Session *sess, const QString & path)
|
||||
time.start();
|
||||
#endif
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||||
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||||
QString t;
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||||
// QString t;
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||||
|
||||
long recs;
|
||||
double duration=0;
|
||||
char *data;
|
||||
char c;
|
||||
long pos;
|
||||
bool sign, ok;
|
||||
double d;
|
||||
// long recs;
|
||||
// double duration=0;
|
||||
// char *data;
|
||||
// char c;
|
||||
// long pos;
|
||||
// bool sign, ok;
|
||||
// double d;
|
||||
double tt;
|
||||
|
||||
// Notes: Event records have useless duration record.
|
||||
@ -2324,132 +2243,56 @@ bool ResmedLoader::LoadEVE(Session *sess, const QString & path)
|
||||
|
||||
// Allow for empty sessions..
|
||||
|
||||
// Create EventLists
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||||
// Create some EventLists
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||||
OA = sess->AddEventList(CPAP_Obstructive, EVL_Event);
|
||||
HY = sess->AddEventList(CPAP_Hypopnea, EVL_Event);
|
||||
UA = sess->AddEventList(CPAP_Apnea, EVL_Event);
|
||||
|
||||
// Process event annotation records
|
||||
for (int s = 0; s < edf.GetNumSignals(); s++) {
|
||||
recs = edf.edfsignals[s].sampleCnt * edf.GetNumDataRecords() * 2;
|
||||
qDebug() << "File has " << edf.annotations.size() << "annotation vectors";
|
||||
int vec = 1;
|
||||
for (auto annoVec = edf.annotations.begin(); annoVec != edf.annotations.end(); annoVec++ ) {
|
||||
qDebug() << "Vector " << vec++ << " has " << annoVec->size() << " annotations";
|
||||
for (auto anno = annoVec->begin(); anno != annoVec->end(); anno++ ) {
|
||||
qDebug() << "Offset: " << anno->offset << " Duration: " << anno->duration << " Text: " << anno->text;
|
||||
tt = edf.startdate + qint64(anno->offset*1000.0);
|
||||
|
||||
data = (char *)edf.edfsignals[s].dataArray;
|
||||
pos = 0;
|
||||
tt = edf.startdate;
|
||||
|
||||
while (pos < recs) {
|
||||
c = data[pos];
|
||||
|
||||
if ((c != '+') && (c != '-')) {
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (data[pos++] == '+') { sign = true; }
|
||||
else { sign = false; }
|
||||
|
||||
t = "";
|
||||
c = data[pos];
|
||||
|
||||
do {
|
||||
t += c;
|
||||
pos++;
|
||||
c = data[pos];
|
||||
} while ((c != 20) && (c != 21)); // start code
|
||||
|
||||
d = t.toDouble(&ok);
|
||||
|
||||
if (!ok) {
|
||||
qDebug() << "Faulty EDF EVE file " << edf.filename;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (!sign) { d = -d; }
|
||||
|
||||
tt = edf.startdate + qint64(d * 1000.0);
|
||||
duration = 0;
|
||||
// First entry
|
||||
|
||||
if (data[pos] == 21) {
|
||||
pos++;
|
||||
// get duration.
|
||||
t = "";
|
||||
|
||||
do {
|
||||
t += data[pos];
|
||||
pos++;
|
||||
} while ((data[pos] != 20) && (pos < recs)); // start code
|
||||
|
||||
duration = t.toDouble(&ok);
|
||||
|
||||
if (!ok) {
|
||||
qDebug() << "Faulty EDF EVE file (at %" << pos << ") " << edf.filename;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
while ((data[pos] == 20) && (pos < recs)) {
|
||||
t = "";
|
||||
pos++;
|
||||
|
||||
if (data[pos] == 0) {
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (data[pos] == 20) {
|
||||
pos++;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
do {
|
||||
t += tolower(data[pos++]);
|
||||
} while ((data[pos] != 20) && (pos < recs)); // start code
|
||||
|
||||
if (!t.isEmpty()) {
|
||||
if (matchSignal(CPAP_Obstructive, t)) {
|
||||
|
||||
if (sess->checkInside(tt)) OA->AddEvent(tt, duration);
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_Hypopnea, t)) {
|
||||
if (sess->checkInside(tt)) HY->AddEvent(tt, duration /*+ 10*/); // Only Hyponea's Need the extra duration???
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_Apnea, t)) {
|
||||
if (sess->checkInside(tt)) UA->AddEvent(tt, duration);
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_RERA, t)) {
|
||||
// Not all machines have it, so only create it when necessary..
|
||||
if (!RE) {
|
||||
if (!(RE = sess->AddEventList(CPAP_RERA, EVL_Event))) {
|
||||
return false;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if (sess->checkInside(tt)) RE->AddEvent(tt, duration);
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_ClearAirway, t)) {
|
||||
// Not all machines have it, so only create it when necessary..
|
||||
if (!CA) {
|
||||
if (!(CA = sess->AddEventList(CPAP_ClearAirway, EVL_Event))) {
|
||||
return false;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (sess->checkInside(tt)) CA->AddEvent(tt, duration);
|
||||
} else {
|
||||
if (t != "recording starts") {
|
||||
qDebug() << "Unobserved ResMed annotation field: " << t;
|
||||
}
|
||||
if ( ! anno->text.isEmpty()) {
|
||||
if (matchSignal(CPAP_Obstructive, anno->text)) {
|
||||
if (sess->checkInside(tt))
|
||||
OA->AddEvent(tt, anno->duration);
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_Hypopnea, anno->text)) {
|
||||
if (sess->checkInside(tt))
|
||||
HY->AddEvent(tt, anno->duration); // Hyponeas don't have any duration!
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_Apnea, anno->text)) {
|
||||
if (sess->checkInside(tt))
|
||||
UA->AddEvent(tt, anno->duration);
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_RERA, anno->text)) {
|
||||
// Not all machines have it, so only create it when necessary..
|
||||
if (!RE) {
|
||||
if (!(RE = sess->AddEventList(CPAP_RERA, EVL_Event)))
|
||||
return false;
|
||||
}
|
||||
if (sess->checkInside(tt))
|
||||
RE->AddEvent(tt, anno->duration);
|
||||
} else if (matchSignal(CPAP_ClearAirway, anno->text)) {
|
||||
// Not all machines have it, so only create it when necessary..
|
||||
if (!CA) {
|
||||
if (!(CA = sess->AddEventList(CPAP_ClearAirway, EVL_Event)))
|
||||
return false;
|
||||
}
|
||||
if (sess->checkInside(tt))
|
||||
CA->AddEvent(tt, anno->duration);
|
||||
} else {
|
||||
if (anno->text != "recording starts") {
|
||||
qDebug() << "Unobserved ResMed annotation field: " << anno->text;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (pos >= recs) {
|
||||
qDebug() << "Short EDF EVE file" << edf.filename;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// pos++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
while ((pos < recs) && (data[pos] == 0)) { pos++; }
|
||||
|
||||
if (pos >= recs) { break; }
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
#ifdef DEBUG_EFFICIENCY
|
||||
timeMutex.lock();
|
||||
timeInLoadEVE += time.elapsed();
|
||||
|
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